在游雁荡山时，有时“如行刀背”，而且所经境地，难以容足。徐霞客在山崖上踌躇再三，不敢再由原来的小道返回，只能叫仆人脱下裹脚布接成布绳，依次从悬崖上悬空而下。等下到石级处，仅能容纳双脚，再没有多余的地方。遥望悬壁下面，深有百丈。后来，他们竭尽全力挽布绳腾空跳跃，才攀到上一层的岩石上，得以脱险。
除了自然之险，还有人祸：如衡阳遭遇劫匪，靖州遭遇小偷，到云南，一直跟随多年的旅伴顾仆竟然携款潜逃，卷走了丽江土司送给他的“黑香白镪十两、黄金四两”。
他走出洞口对众人说，洞里没有鬼怪，却有奇特壮观的风景
在赴云南的万里遐征中，徐霞客有一位同伴静闻和尚，他曾用指血抄写了一部佛经，他要和徐霞客一起去大理，将这部佛经供奉于鸡足山道场。不幸的是，他们在湘江遭遇劫匪，悲惨逃命，静闻受劫匪刀伤，几天后病死在广西。
“必窆骨鸡足山。”这是与徐霞客萍水相逢的“驴友”静闻留下的遗言。一位日益年迈、在万里孤旅中跋涉的人，要为一位已死的人实现遗言吗?回答是肯定的!
一年后的冬天，徐霞客背着静闻的遗骨和那部经书抵达鸡足山。他抵达的时候，鸡足山古寺中的众僧无不动容。这是徐霞客对诺言的履行，对逝者的告慰。虽然萍水相逢，当事人已逝，我也要跋山涉水，不远千里来完成他的遗愿!
一次，徐霞客准备进入湖南的麻叶洞。当地乡民拿着镰刀、木棒守在洞口，其他人则放下手中的劳作，把洞口团团围住。他们担心徐霞客能否活着出来，因为传说洞中有神龙、妖怪，还有蟒蛇，会吃人。徐霞客面带微笑，从容拿起火把进入洞中。在洞中，他亲身感受了洞里的天然奇景。完成探险后，他走出洞口，对守在洞口的一百多人说，洞里没有鬼怪，却有奇特壮观的风景。大家看到徐霞客神清气爽，讲得神采奕奕，无不敬佩。
徐霞客不仅挑战一切，而且从不迷信权威。他痛恨因袭附会，以讹传讹。他说“山川面目，多为图经志藉所蒙。”登顶天都峰，徐霞客感觉“万峰无不下伏，独莲花与抗耳”，再爬上莲花峰顶，果真发现“其巅廓然，四望空碧，即天都亦俯首矣”“峰居黄山之中，独出诸峰上”，因而得出莲花峰是黄山最高峰的结论。这一发现令今天的测绘专家啧啧称奇，因为现代技术测定，莲花峰海拔为1864米，天都峰海拔为1810米，两峰高度相差54米，而两者相距1100米，一般人是很难通过目测发现这一差距的。
53岁的徐霞客准备继续西行进入缅甸时，遭到了土司木增的善意阻拦，木增说，五月的丛林中瘴气甚厉，还有野人出没，随时会有性命之忧。而此时，由于长年奔波，徐霞客的身体状况已经很不好了，最重要的是双脚磨烂，用他自己的话说“两足具废，心力交瘁”，权衡再三后，徐霞客最终放弃了进入缅甸的念头，这是徐霞客旅行30多年来第一次主动放弃。云南，也成了徐霞客人生旅程的终点。
这一年是1640年，徐霞客再也走不动了，而且病情不断加重。看到这种情况，木增果断派遣八个精壮纳西族汉子，将徐霞客用竹椅抬回几千里之外的江阴老家。这些纳西族汉子遵照木增的嘱托，穿山越岭，披风沥雨，历时半年，把徐霞客平安抬回了老家。几个月后，徐霞客在病中与世长辞。
据说，徐霞客临终时对儿子交代，他死后头要朝向云南方向，意在表达对木增的感激之情。徐霞客在丽江期间，对这位木土司热衷中原文化十分钦佩，便“连宵篝灯，丙夜始寝”，完成了木增《云薖淡墨》书稿的整理编校工作，并为木增的《山中逸趣》集写序言等。同时，还指导木增的儿子木宿学习写作。木增对徐霞客也表示出了极大的尊重。
今天，当无数的旅游者在丽江木府博物院门前驻足，瞻仰木增和徐霞客的雕像时，仍会被那段高尚的友谊感动。
死不恨矣，他是真正的旅行家
在生命的最后时刻，徐霞客客观评价了自己的一生，他说：“张骞凿空，未睹昆仑;唐玄奘元耶律楚材衔人主之命，乃得西游。吾以老布衣，孤筇双屦，穷河沙，上昆仑，历西域，题名绝国，与三人而为四，死不恨矣。”死而无憾，足矣!
